Callixtus III. starb am 6. August 1458. Seine sterblichen Überreste wurden 1586 und 1610 mit den sterblichen Überresten seines Neffen Alexander VI. nach Santa Maria in Monserrato überführt . Seine sterblichen Überreste wurden am 21. August 1889 noch einmal in die Kapelle von San Diego überführt. In seinem Testament hinterließ er 5000 Dukaten, um ein Krankenhaus zu errichten.